Reparar jaf box

He leeido el post en el cual comentan como se repara la jaf box , ya tengo casi todo listo , cables soldados a el ATmega,pony programa , y video tutorial pero el video es muy confuso a la hora de cargar los archivos no se si son 1 o 2 los archivos que se le cargan a el programa para escribirlos en la jaf, he visto que son en extension .hex(exadecimal) pero no se si son el mismo archivo los que se cargan en diferentes casillas o es el mismo...gracias por su ayuda